La Olimpiada Nacional de Física consta de varias etapas de clasificación: Etapa Regional (Primera ronda); Etapa Nacional (Segunda Ronda) y la Etapa Experimental. Y en cada etapa hay tres niveles de partición según el año que cursan los estudiantes en el Sistema Nacional de Educación que son los equivalentes a décimo grado (primer nivel), décimo primer grado (segundo nivel) y décimo segundo grado (tercer nivel). En cada etapa se aplica una prueba, es decir, en la ronda regional se aplica la prueba regional, en la ronda nacional, se aplica la prueba nacional y en la ronda experimental se aplica la prueba experimental.

Las pruebas son en el idioma Español. Los jóvenes participantes deben estar escolarizados en el sistema oficial o particular de la Educación Nacional.

Prueba Regional

La prueba regional es una «prueba escrita» que se aplica a todos los participantes de todos los niveles y que tiene una duración de tres horas. Esta prueba inicia a las 9:00 a.m. del día señalado con anterioridad. El contenido evaluado en esta prueba es el correspondiente, por nivel, a lo señalado en el temario.  

Prueba Nacional

Para cada uno de los niveles, en la prueba nacional, participarán los alumnos que posean las tres puntuaciones más altas, por región, obtenidas en la ronda regional. Sin embargo, para clasificar, se exigirá un mínimo de puntuación correspondiente al 50 % de la nota más alta obtenida en la prueba de la primera ronda. Además, para completar un máximo de 40 alumnos por nivel, se escogerán los participantes que posean las puntuaciones más altas a nivel nacional, independientemente de la región.

Prueba Experimental

Los 10 alumnos del tercer nivel con mayor puntuación, en la Ronda Nacional, deberán presentarse a una prueba final. El mecanismo de clasificación será una prueba experimental. De esta forma serán elegidos los cuatro estudiantes que representarán a Panamá en la Olimpiada Iberoamericana de Física. Ningún entrenamiento es responsabilidad de los organizadores de la Olimpiada.

Las cuatro medallas de oro del décimo segundo grado (tercer nivel) representarán a Panamá en la Olimpiada Iberoamericana de Física.

Las cinco medallas de oro del décimo primer grado (segundo nivel) y las cinco medallas de oro del décimo grado (primer nivel) participarán en la Olimpíada Mesoamericana de Física, en los niveles Medio Superior y Básico, respectivamente.

El estudiante que no asista o participe en algunas de las rondas para la cual fue seleccionado, queda automáticamente fuera de toda premiación.